| Diciamo su wikipedia viene spiegato che ce stato un altro incidente con la terza energia, che appare dylan poi e perchè vengono mandate due squadre operative (Trat e sort) per cercare questi dispersi Trama da wikipedia Siamo nel 2010, ed è passato un anno dall'avventura di Regina con le creature preistoriche di Ibis Island e la cattura del fuggiasco Dottor Kirk. In tutto questo tempo la ricerca sulla Terza Energia è continuata ininterrottamente, e un altro "incidente" si faceva presagire. Apparentemente, dopo il primo incidente in Borginia (che in Dino Crisis 2 viene scritto in modo diverso) in cui era coinvolto il Dottor Kirk, si decise che i dinosauri dovevano essere studiati a fondo. Improvvisamente, l'intera Edward City, una cittadina totalmente preposta alla ricerca sulla Terza Energia, scompare del tutto, misteriosamente rimpiazzata da una giungla preistorica. Inizia quindi una missione per trovare e soccorrere i sopravvissuti, e recuperare tutte le informazioni sulla ricerca andate perdute.
In questo seguito, la squadra T.R.A.T. (Tactical Reconnoitering and Acquisition Team) (squadra tattica di acquisizione e recupero) viene mandata nel passato, in cui si trova anche Edward City, per recuperare i superstiti e i dati sulla ricerca della Terza Energia. Fra loro vi sono i protagonisti Dylan Morton e Regina, quest'ultimo membro del S.O.R.T. (Secret Operations Raid Team) (squadra d'incursione per operazioni segrete). Sull'isola la squadra piazza l'accampamento, ma viene attaccata dai velociraptor, e tutti vengono uccisi, tranne tre persone, Regina, Dylan Morton e David Fork, che vengono salvati dall'irruzione di un tirannosauro, che scaccia i velociraptor e manda la squadra giù da un dirupo, dopo essere stato colpito a un occhio da David con un lanciarazzi. Dylan e Regina iniziano quindi la loro missione da soli, che prevedeva di recuperare i dati riguardanti la Terza Energia e salvare i superstiti. Durante l'avventura si viene a scoprire la verità riguradante l'isola:
Furono condotti vasti esperimenti di perforazione temporale, che portarono a conseguenze disastrose che minacciarono l'esistenza stessa della razza umana sulla Terra. Fu presto chiaro che gli uomini e i dinosauri non avrebbero mai potuto convivere. Per porre rimedio a tutto ciò i militari decisero di trasportare i dinosauri tre milioni di anni nel futuro, dove avrebbero potuto prosperare, per poi essere riportati nella loro epoca d'origine (65 milioni di anni fa) una volta che il varco temporale della Terza Energia fosse stato perfezionato. Questa operazione prendeva il nome di piano: Arca di Noè. Tuttavia, il sistema che avrebbe dovuto portare i dinosauri nel futuro ebbe un altro sovraccarico, e il varco temporale andò distrutto. La popolazione di Edward City rimase così intrappolata nell'era dei dinosauri. Tutti i sopravvissuti vennero sterminati dai sauri, ma i bambini sopravvissero e vennero portati in salvo nella struttura di sostentamento, dove rimasero in camere di mantenimento vitali, che li protessero mentre crescevano e il sistema forniva loro la necessaria preparazione per sopravvivere tra i dinosauri; le camere di supporto vitale però erano state create per i dinosauri non per gli umani. Per questo i bambini persero l'uso della parola e iniziarono ad agire proteggendo i dinosauri. Sono loro i misteriosi ragazzi armati di elmetti e strani fucili che Regina e Dylan incontrano nel corso del gioco.
Apparentemente, uno dei membri della squadra arrivato nel futuro è lo stesso Dylan, invecchiato. La misteriosa ragazzina bionda è sua figlia Paula. Pare che nell'incidente Edward City sia stata portata nel futuro in cui si trovava Paula. Alla fine dell'avventura Regina recupererà il dischetto con i dati sulla Terza Energia, raggiunge Dylan e Paula nella sala del portale quando manca poco all'autodistruzione della base. Solo Regina si salverà, perché Paula rimane con le gambe incastrate dal crollo di un macchinario e Dylan decide di non abbandonarla. Regina riesce a fuggire promettendo che tornerà a salvarli.
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